Потрібно створити додатки з фінансової звітністі до звіту J0101911"ЗВІТ про використання доходів (прибутків) неприбуткової організації" , ці додатки вже є готові на сайті казначейства ezvit.treasury.gov.ua там є можливість завантажити звіти у багатьох форматах, але XML у списку відсутній, чи є можливість завантаження до Сонати файлів у форматі відмінному від xml?

Ні, тільки XML-файл містить усі необхідні реквізити документу, тому імпортувати повноцінний звіт можна тільки з нього.

скачав звіт у форматі .xlsx конвертував у .xml отримав повідомлення "невідомий тип файлу"

З цією проблемою вам варто звернутися до розробника програмного засобу, за допомогою якого ви конвертуєте цей звіт.
Якщо xml-файл буде відповідати формату, затвердженому ДФС, тоді Соната його без проблем імпортує.