Тут ми можемо робити тільки припущення.
Точно відомо, що звіти до Держстату Медок шле через власний шлюз, тому що вони не відповідають опублікованому для всіх інших форматові.

из этого следует, что не всё то зарегистрировано, что зарегистрировано через Медок?

Ні, всі ПН, що зареєстровані (через Медок чи ще звідкись) - то зареєстровані. Але свідчить про це не квитанція, а витяг з ЄДР.

в колонках Дата регистрации и Сумма НДС пусто

Цю проблему вже прийняли, будемо виправляти якось.

Я не могу утверждать на 100%, но был случай у моего клиента вчера по разным датам.

Ответ на запрос приходит раньше чем НН, попробуйте отправить еще раз запрос по той же дате.