В системі створено реєстр виданих та отриманих ПН (J1201508) одна видана одна отримана ПН. Створено Податкова деклараціяз ПДВ ( J0200121) та таблиця 5. В таблицю підтягує лише отриману ПН, видану не підтягує.

Також потім інформація не підтягується у основну таблицю декларації. Версія програми 0.26.11.1

Можливо у налаштуваннях програми вказано консолідувати ПДВ з накладних, а не з реєстру.

У вашому випадку потрібно "з реєстрів".
Якщо параметр стоїть правильний, то спробуйте просто перезберегти налаштування кнопкою "ОК".