Добрий день! При відправці РК на мінус , з ДФС приходить відмова в реєстрації РК причина "Невідповідність ЄДРПОУ сертифікату і транспортного заголовка - з сертифікату: "код єдрпоу продавця", із заголовка: "код єдрпоу покупця". В чому може бути причина відхилення?

Схоже на те, що ви не підписали цей РК власними підписами.
Мінусовий РК після отримання від контрагента-продавця (з його підписами) треба підписати власними ЕЦП, а потім відправити на реєстрацію.