Подскажите можно ли в Сонате подписать документ, например ключом директора от одного АЦСК и печатью предприятия, выданной другим АЦСК?

Еще попутно вопрос. У нас на предприятии несколько заместителей директора. Внести в заявку на регистрацию ЭЦП я их всех могу, но как мне подписать двумя заместителями, директором, бухгалтером и печатью? Ведь насколько я знаю, заявка должна быть подписана всеми кто будет подписывать отчетность. Соната дает подписать только теми кто указан в настройках программы в данный момент.

Подскажите можно ли в Сонате подписать документ, например ключом директора от одного АЦСК и печатью предприятия, выданной другим АЦСК?

Можна.
Інше питання - чи прийме такий звіт ДФС. Гадаю, що прийме, але точної інформації про це немає.

У нас на предприятии несколько заместителей директора. Внести в заявку на регистрацию ЭЦП я их всех могу, но как мне подписать двумя заместителями, директором, бухгалтером и печатью? Ведь насколько я знаю, заявка должна быть подписана всеми кто будет подписывать отчетность. Соната дает подписать только теми кто указан в настройках программы в данный момент.

Звітність підписується не тими підписами, якими хоче підписати платник, а тими, які визначені законодавством (насамперед, у ПКУ).
Відповідно до законодавства, підписання звітності виконується за допомогою ЕЦП тільки трьох типів: директор підприємства, (головний) бухгалтер, печатка підприємства. Більше ніхто не може підписати податкові чи статистичні звіти, тому і в Сонаті немає можливості їх встановити.
ПС. Виняток - податкові накладні та РК можуть підписуватися уповноваженою на це особою. Для цього у профілі Сонати є "підпис працівника".

У нас большое предприятие. Поэтому диретор доверяет подписание заместителям по разным направлениям. Есть нотариально заверенные доверенности, все в соответствии с законом.

Законом (ПКУ) чітко встановлено кількість підписів на звітності.
Ви можете у певних випадках (щодо цього проконсультуйтеся у вашій ДПІ) використати підпис заступника замість підпису директора, але не разом із ним. Кількість підписів контролюється автоматичною системою шлюзу ДФС, і навіть місцеві податківці не зможуть цього змінити.
ПС. Для підписання документів заступником замість директора у Сонаті просто встановіть відповідний ЕЦП заступника на місце ЕЦП директора.