Отримали новий сертифікат від приват банку, до того користувалися ними же і проблем не було. Завантажила в Сонату, але при відправці документів приходить квитанція що Сертифікат відсутній, думала можливо потрібно Переукласти договір про визнання документів, та приходить квитанція що сертифікат дійсний та договір діє. Підкажіть будь ласка, що робити?

думала можливо потрібно Переукласти договір про визнання документів

І це цілком слушно. Отримавши новий ключ/сертифікат обов'язково треба реєструвати його у ДФС Заявою чи Повідомленням, якщо плануєте ним підписувати звітність.

та приходить квитанція що сертифікат дійсний та договір діє.

За правилами ДФС ви не можете укласти новий Договір (приєднатися до нього), поки діє старий.
Старий Договір розірветься автоматично, якщо закінчиться строк дії того ключа/сертифіката, яким його було раніше підписано при реєстрації. Або якщо ви той ключ скасуєте через АЦСК.
Через добу після цього можна пробувати подавати Заяву про приєднання до договору, підписану вже новим ключем/сертифікатом.