При консолидации заполняются только данные за 12 месяц, и по консолидации из реестров и по консолидации непосредственно из накладных. Что можно сделать?

У налаштуваннях консолідації (Меню - Налаштування - Документи) є пункт "Заповнення даних з ПДВ за квартальним підсумком".
Якщо там встановлено "Розбивати помісячно", то у додатку 5 будуть окремі рядки для кожного місяця кварталу.
Якщо там встановлено "Розбивати поквартально", то у додатку 5 буде по одному рядку для кожного ІПН на квартал, куди будуть сумуватися усі показники із трьох місяців. Причому, у якості періоду в такій ситуації вказується останній місяць кварталу - тобто, для 4-го кварталу це 12-й місяць.
Певно, що у вашому випадку все є саме так - суми враховуються за квартал, а у періоду вказується останній місяць кварталу.
Різні варіанти розбивки зроблені тому, що різні ДПІ по-своєму трактують заповнення квартального додатка 5.