Створила і відіслала контрагенту Додаток 2 до ПН. В "Кабінеті" видно, що контрагент зареєстрував цей додаток. Технічна квитанція прийшла і у властивостях видно, що "доставлено контрагенту", питання: "Які подальші дії, щоб програма побачила результат цього Додатку?" Бо після оновлення 13.10.2017р. програма показує, що документ не зареєстрований, відправила на реєстрацію, пропала відмітка "отримано контрагентом" Прийшла квитанція " не прийнято" бо від"ємне значення, а через кілька хвилин "прийнято" Нічого не розумію... Яка послідовність реєстрації Додатка2 в Сонаті?

відправила на реєстрацію, пропала відмітка "отримано контрагентом"

Якщо це "мінусовий" РК, який за ПКУ підлягає реєстрації покупцем, навіщо ви тоді його відправляли на реєстрацію? У кращому випадку, до вас тепер надійде квитанція з помилкою, і стан цього РК буде "не прийнятий".
Щоб перевірити стан такого розрахунку, треба натиснути на нього правою кнопкою миші у списку накладних та обрати "Запит до ЄДРПН - Перевірити стан...". Після надходження відповідного витягу Додаток стане "принятим" (якщо у витягу буде вказана дата його реєстрації).

Яка послідовність реєстрації Додатка2 в Сонаті?

Така, яка прописана у ПКУ.
Продавець створює, підписує та відправляє цей додаток покупцю (контрагенту, не на реєстрацію). Покупець також підписує і відправляю на реєстрацію. Усе.
А зробивши запит за цим додатком після його реєстрації, оновите його стан (після отримання витягу).

Справа в тому, що не знала, як зробити запит про стан РК...,і не могла створити реєстр ПН, а коли ж все-таки відправила на реєстрацію, то прийшло дві квитанці, дивні: в одній вказано, що "не прийнято", бо від"ємне значення, а в іншій "чекати результату", але загальний стан "прийнято"... Але в Декларації сума подвоюється, чомусь...

прийшло дві квитанці, дивні: в одній вказано, що "не прийнято", бо від"ємне значення, а в іншій "чекати результату",

Це може бути "повідомлення" та "квитанція №1". У такому випадку все правильно прийшло.

Але в Декларації сума подвоюється, чомусь...

А це може бути через існування копії Додатку, або якоїсь накладної. Створіть у списку накладних фільтр за потрібним періодом виписки та перевірте усі документи - чи немає зайвих. Майте на увазі, що "не прийняті" РК та накладні теж підтягуються до декларації. Щоб такого не було, їх краще видалити до Кошику.