Яким чином у 5-ій графі проставити значення НП – документ, що засвідчує придбання товарів/послуг на митній території України в осіб, які не зареєстровані як платники податку на додану вартість. Або яким чином створити отриману податкову накладну від неплатника податку?

У Сонаті поки не можна створити накладну від імені неплатника, як і вказати "НП" у реєстрі. Сподіваюся, у майбутньому ця проблема вирішиться.
ПС. До речі, реєстр накладних вже не подається до податкової і наявність або відсутність "НП" у ньому ні на що не впливає.

Авжеж не подається, але загальні суми податкових накладних з графою НП переносяться в декларацію з ПДВ у графу 11.1.

У Сонаті є можливість налаштувати перенос даних у декларацію та її додатки прямо з ПН/РК, тому необхідність реєстру знову сумнівна.
http://sonata.biz.ua/help/settings_documents.html - "Консолідація у звітах з ПДВ".