По всем отправленным НН пишет: "розшифрована", "статус - відхилена". Что это значит и что делать дальше?

Розшифрована - це біля квитанції, а не до накладної. Відкрийте квитанцію до відхиленої накладної та подивіться причину відхилення.

При отправке пишет: Організація не перебуває на обліку у контролюючомуоргані - ЄДРПОУ: '38782449', код ДПІ: '2614'. Этот код шевченковской налоговой в киеве по базе выдаёт как "Діяльність припинено". В настройках фирмы установлен новый код из базы: 2659. А квитанция приходит как на 2614. Что делать?

в профиле предприятия, где формируется отчет/нн нужно указать правильную районную дфс с кодом 2659